โรงเรียนเทพินทร์พิทยาตั้งขึ้นโดยบาทหลวงในคริสต์ศาสนา นิกายโรมันคาทอลิก ได้จัดตั้งขึ้นก่อนการใช้พระราชบัญญัติประถมศึกษา และต่อมา ได้ขออนุญาตจัดตั้งเป็นโรงเรียนขึ้น โดยจะแบ่งเป็น 3 ระยะได้ดังนี้

ระยะต้น (พ.ศ. 2449 - 2489)

ระยะกลาง (พ.ศ. 2490 - 2530)

ระยะปลาย (พ.ศ. 2531 - 2563 )

ระยะต้น (พ.ศ. 2449 - 2489)

• โรงเรียนเทพินทร์พิทยาตั้งขึ้นโดยบาทหลวงในคริสต์ศาสนา นิกายโรมันคาทอลิก ได้จัดตั้งขึ้นก่อนการใช้พระราชบัญญัติประถมศึกษา ราวปีพุทธศักราช 2443 (ค.ศ. 1900) โดยจัดสอนหนังสือวัดและหนังสือไทย อาศัยเรียนตามที่พักนักบวชและอาคารภายในบริเวณโบสถ์คาทอลิกนักบุญมีคาแอล

• ต่อมาเมื่อประเทศไทยประกาศใช้พระราชบัญญัติประถมศึกษาแล้ว ในปีพุทธศักราช 2449 (ค.ศ. 1906) บาทหลวงมัทธิว ทาร์ดีเวล ได้สร้างโรงเรียนขึ้นหลังหนึ่ง โดยตัวอาคารเรียนเป็นฝาไม้พื้นเทคอนกรีต เป็นโรงเรียนถาวรขนาดกลาง แล้วขออนุญาตจัดตั้งเป็นโรงเรียนประชาบาล ประชาชนจัดตั้งให้ชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลดอนกระเบื้อง 1 (นักบุญมีคาแอล)”

ระยะกลาง (พ.ศ. 2490 - 2530)

• เมื่อปีพุทธศักราช 2492 (ค.ศ. 1949) บาทหลวงอันเจโล มาร์เกซี ได้สร้างอาคารเรียนเป็นตึก ชั้นเดียว2 6 ห้อง กว้าง 8 เมตร ยาว 40 เมตร แทนหลังเก่าที่ชำรุด โดยคุณพ่อเยลีชี เป็นผู้ออกแบบและควบคุมการก่อสร้างทั้งหมด ได้รับเงินอนุมัติจากมิสซังราชบุรี เป็นจำนวนเงิน 80,000 บาท
• เดือนกันยายน พุทธศักราช 2493 (ค.ศ. 1950) บาทหลวงเปาโล สุเมธ วัชรศักดิ์ไพศาล (ชื่อเดิมบาทหลวงเซอ๋า แซ่เจ๊ว) และคณะกรรมการได้ตกลงกันให้เปลี่ยนจากโรงเรียนประชาบาลมาเป็นโรงเรียนราษฎร์ ได้รับอนุญาตจากทางการเมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน พุทธศักราช 2493 และได้เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนเทพินทร์พิทยา” ดำเนินการเปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 4

• ปีพุทธศักราช 2505 (ค.ศ. 1962) โรงเรียนได้ยื่นเรื่องขอเปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 7 กิจการของโรงเรียนก้าวหน้าขึ้นตามลำดับ จนสถานที่ไม่เพียงพอสำหรับผู้เรียนที่จะเล่าเรียน
• ปีพุทธศักราช 2510 (ค.ศ. 1967) นายบุญฤทธิ์ ทรัพย์เย็น ได้บริจาคเงินสร้างอาคารเรียนหลังใหม่ เป็นตึก 2 ชั้น 4 ห้องเรียน ซึ่งสร้างต่อจากตึกเก่าทางทิศตะวันตก และให้ชื่ออาคารเรียนนี้ว่า “ทรัพย์เย็นรำลึก” ทำพิธีเสกและเปิดเมื่อวันที่ 25 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2511 โดยมี นายเลอเดช เจษฎาฉัตร เป็นประธาน

• วันที่ 24 มกราคม พ.ศ. 2519 (ค.ศ. 1976) ได้ทำพิธีเปิดอาคารเรียนใหม่สองชั้น ซึ่งทดแทนอาคารเก่าชั้นเดียวที่รื้อถอนไป โดยนายกร บุญยงค์ ผู้ว่าราชการจังหวัดราชบุรี ได้ให้เกียรติมาเป็นประธานในพิธี และได้รับการเสกโดย ฯพณฯ ยอแซฟ เอก ทับปิง มุขนายกแห่งสังฆมณฑลราชบุรี ปีการศึกษา 2520 (ค.ศ.1977) ผู้บริหารได้ดำเนินการสร้างอาคารเรียนเพิ่มอีกหลังหนึ่งเป็นตึก 2 ชั้น จำนวน 10 ห้องเรียน เป็นรูปตัวแอล (L) โดยได้รับบริจาคเงินจาก นายบุญฤทธิ์ ทรัพย์เย็น โดยให้ชื่อว่า “อาคารทรัพย์เย็นอนุสรณ์” ได้ทำพิธีเปิดป้ายและมอบอาคารเรียนให้มิสซังราชบุรี โดย ฯพณฯ ยอแซฟ เอก ทับปิง มุขนายกแห่งสังฆมณฑลเป็นผู้รับมอบ เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม 2520
• ปีการศึกษา 2521 (ค.ศ. 1978) โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดสอนอนุบาลเป็นปีแรก โดยมีชั้นอนุบาล 1 จำนวน 2 ห้องเรียน และมีจำนวนเด็ก 51 คน โดยเปิดสอนที่ “อาคารทรัพย์เย็นอนุสรณ์” และในปีการศึกษานี้เองได้ยกเลิกชั้นประถมศึกษาปีที่ 7 เพื่อเป็นไปตามนโยบายของกระทรวงศึกษาธิการ และได้เปลี่ยนหลักสูตรใหม่ของผู้เรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 (หลักสูตรประถมศึกษา พ.ศ. 2521)

ระยะปลาย (พ.ศ. 2531 - 2563 )

• ปีการศึกษา 2543 (ค.ศ.2000) โรงเรียนได้รับบริจาคที่ดินจำนวน 1 ไร่ จากกำนันบุญเพ้ง หมั่นมาก และคุณชูเกียรติ วรสันตติพงษ์ ซึ่งในขณะนั้นบาทหลวงธาดา พลอยจินดา ดำรงตำแหน่งผู้จัดการและลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต จึงได้ขออนุญาตจากพระสังฆราชยวงบอสโก มนัส จวบสมัย ประมุข สังฆมณฑลราชบุรี สร้างอาคารเรียนหลังใหม่เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 4 ชั้น โดยกู้เงินจากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน เป็นเงินจำนวน 13 ล้านบาทถ้วน
• ปีการศึกษา 2544 (ค.ศ.2001) ได้ทำการทุบอาคารเรียนทรัพย์เย็นรำลึก (อาคารประถม) ที่ทรุดโทรม และสร้างอาคารเรียนหลังใหม่บนที่ดินที่ได้รับการบริจาคบริเวณหลังสนามฟุตบอล เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 4 ชั้น จำนวนห้องเรียน 30 ห้อง และห้องประกอบการอื่น ๆ

• ปีการศึกษา 2545 (ค.ศ. 2002) มีพิธีเสกและเปิดอาคารเรียนหลังใหม่ ซึ่งเป็นอาคาร 4 ชั้น จำนวน 30 ห้องเรียน พร้อมทั้งมีห้องสมุด ห้องประชุม ห้องคอมพิวเตอร์ รวมทั้งห้องประกอบการอื่น ๆ เมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2545 (ค.ศ. 2002) โดยพระสังฆราชยวงบอสโก มนัส จวบสมัย พร้อมกันนี้ยังถือเป็นการฉลองครบ 100 ปีของการจัดการศึกษาของวัดและชุมชนอีกด้วย
• ปีการศึกษา 2546 (ค.ศ. 2003) บาทหลวงเปาโล สมควร หมายแม้น ได้ดำเนินการขออนุญาตเปิดทำการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น และในปีการศึกษานี้ โรงเรียนผ่านการประเมินรับรองคุณภาพการศึกษาภายนอกรอบแรก จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.)
• ปีการศึกษา 2547 (ค.ศ. 2004) โรงเรียนได้เปิดการเรียนการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาจนถึงปัจจุบัน โดยมีบาทหลวงสมควร หมายแม้น ดำรงตำแหน่งผู้รับใบอนุญาต/ผู้จัดการ/ครูใหญ่ของโรงเรียน
• ปีการศึกษา 2549 (ค.ศ. 2006) โรงเรียนได้รับรางวัลโรงเรียนพระราชทาน ระดับก่อนประถมศึกษา ขนาดใหญ่ ประจำปีการศึกษา 2549 โดยมีบาทหลวงสมควร หมายแม้น ดำรงตำแหน่งผู้รับใบอนุญาต/ผู้จัดการ/ครูใหญ่ของโรงเรียน
• ปีการศึกษา 2550 (ค.ศ. 2007) โรงเรียนผ่านการประเมินรับรองคุณภาพการศึกษาภายนอก รอบสอง จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.)
• ปีการศึกษา 2552 (ค.ศ. 2009) โรงเรียนได้พัฒนาทั้งด้านงานวิชาการควบคู่ไปกับงานด้านอาคารสถานที่ โดยได้ปรับเปลี่ยนคาบเรียนและจัดทำหลักสูตรใหม่ให้พร้อมสำหรับปีการศึกษา 2553 พร้อมทั้งปรับปรุงอาคารสถานที่และภูมิทัศน์โดยรอบบริเวณแผนกอนุบาล
• ปีการศึกษา 2553 (ค.ศ. 2010) โรงเรียนได้จัดให้มีหน่วยงานอภิบาลในโรงเรียน เพื่อส่งเสริมและช่วยเหลือผู้เรียน และด้วยนโยบายที่เน้นความรู้และทักษะด้านภาษาอังกฤษ จึงได้จัดจ้างครูต่างชาติเพิ่มขึ้น เพื่อให้ทุกชั้นเรียนได้เรียนกับเจ้าของภาษาโดยตรง นอกจากนี้ยังเน้นทักษะทางด้านดนตรี โดยได้ปรับปรุงทั้งดนตรีไทย วงดุริยางค์และดนตรีสากล เพื่อให้ผู้เรียนทุกคนได้ฝึกทักษะในเครื่องดนตรีที่ตนชอบ อีกทั้งยังได้สร้างห้องประชุมและห้องพิพิธภัณฑ์ เพื่อเป็นแหล่งเรียนรู้ให้กับผู้ปกครอง และผู้เรียนอีกด้วย

• ปีการศึกษา 2554 (ค.ศ. 2011) โรงเรียนได้จัดสร้างห้องบ้านนักวิทยาศาสตร์น้อย สำหรับผู้เรียนระดับชั้นอนุบาล และได้ปรับปรุงสนามเด็กเล่นให้ปลอดภัยต่อการใช้งานของผู้เรียน มีการปรับปรุงอาคารสถานที่ให้เอื้อต่อการจัดกิจกรรมและการเรียนรู้ของผู้เรียน นอกจากนี้ยังได้เพิ่มระบบเครื่องกรองน้ำดื่มที่มีคุณภาพให้มีจำนวนเพียงพอ และสะดวกต่อการใช้บริการของผู้เรียนและบุคลากรภายในโรงเรียน อีกทั้งใน ปีการศึกษานี้ทางโรงเรียนได้รับการประเมินคุณภาพการศึกษาภายนอก รอบสาม จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) และโรงเรียนผ่านการประเมินรับรองคุณภาพการศึกษาภายนอก รอบสาม ในระดับดี
• ปีการศึกษา 2555 (ค.ศ. 2012) เปิดเรียนวันที่ 14 พฤษภาคม 2555 มีผู้เรียนทั้งหมด 1,208 คน โดยมีบาทหลวงวิริยะ สู้เสงี่ยม เป็นผู้แทนผู้รับใบอนุญาต/ผู้จัดการ/ผู้อำนวยการโรงเรียน ทางวัดนักบุญอัครเทวดา มีคาแอล ได้ดำเนินการปรับพื้นบริเวณหน้าบ้านพักพระสงฆ์ สนามบาสเกตบอล สนามตะกร้อ และสนามแชร์บอลจากพื้นสนามที่ต่างระดับให้อยู่ในระดับเดียวกัน
• ปีการศึกษา 2556 (ค.ศ. 2013) เปิดเรียนวันที่ 14 พฤษภาคม 2556 มีผู้เรียนทั้งหมด 1,142 คน โดยมีบาทหลวงวิริยะ สู้เสงี่ยม เป็นผู้แทนผู้รับใบอนุญาต/ผู้จัดการ/ผู้อำนวยการโรงเรียน และในปีการศึกษานี้โรงเรียนได้ปรับหลังคาโรงครัวให้สูงขึ้น เพื่อสะดวกในการประกอบอาหารให้ผู้เรียน
• ปีการศึกษา 2557 (ค.ศ. 2014) โรงเรียนได้เปิดการเรียนการสอนจินตคณิตให้กับผู้เรียน โดยเชิญบริษัทนาดาคิดส์ ราชบุรี มาให้การอบรมคณะครูในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 6 เพื่อเป็นแนวทางในการเรียนการสอนของผู้เรียน และเปิดสอนภาษาจีน ทั้งนี้โรงเรียนได้ทำความร่วมมือ (MOU) ด้านการเรียนการสอนภาษาจีน จากที่ทำการมหาวิทยาลัยจีนประจำประเทศไทย ซึ่งมีมหาวิทยาลัยของประเทศจีนหลายมหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมโครงการ ได้ดำเนินการส่งนักศึกษาฝึกสอนมาทำการเรียนการสอนให้กับผู้เรียนในโรงเรียน
• ปีการศึกษา 2558 (ค.ศ. 2015) โรงเรียนได้มีการปรับปรุงและฟื้นฟูวงดนตรีไทยขึ้นมาอีกครั้ง เพื่อให้ผู้เรียนได้มีการเรียนรู้เกี่ยวกับดนตรีไทย ปรับปรุงโต๊ะสำหรับนั่งรับประทานอาหารของผู้เรียน ปรับปรุงและพัฒนาโสตทัศนูปกรณ์ทั้งในระดับอนุบาล ประถมศึกษา และมัธยมศึกษาให้มีคุณภาพเหมาะกับการใช้งาน นอกจากนี้ได้ส่งเสริมให้ผู้เรียนได้ทำน้ำหมักชีวภาพขึ้น เพื่อให้มีทักษะและรู้วิธีการใช้น้ำหมักชีวภาพได้ด้วยตนเอง

• ปีการศึกษา 2559 (ค.ศ. 2016) โรงเรียนได้ดำเนินการขออนุญาต เปิดทำการจัดการเรียนการสอนระดับเตรียมอนุบาล และปรับปรุงห้องเรียนสำหรับเตรียมอนุบาล 1 ห้องเรียน
• ปีการศึกษา 2560 (ค.ศ. 2017) โรงเรียนได้ดำเนินการก่อสร้างโดมคลุมบริเวณหน้าอาคารเรียนตึกประถม – มัธยม เพื่อให้นักเรียนได้มีสถานที่เล่นในร่ม พร้อมทั้งได้มีการปรับปรุงห้องสุขาของนักเรียนให้น่าใช้มากขึ้น
• ปีการศึกษา 2561 (ค.ศ. 2018) โรงเรียนได้ดำเนินการปรับปรุงบริเวณโรงอาหารทั้งสองฝั่ง คือ อนุบาลและประถม – มัธยม โดยการติดลวดตาข่ายไม่ให้นกมาเกาะและทำรัง เพื่อป้องกันมูลของนกและทำให้โรงอาหารมีความสะอาดมากขึ้น พร้อมทั้งได้มีการติดลวดตาข่ายบริเวณโดมของระดับอนุบาลด้วย

• ปีการศึกษา 2562 (ค.ศ. 2019) โรงเรียนได้ดำเนินการปรับปรุงบริเวณหลังคาโดมฝั่งทางอาคารเรียนประถม – มัธยม และติดตั้งพัดลมขนาดใหญ่ที่ศาลาอเนกประสงค์ เพื่อให้มีการระบายความร้อนและอากาศถ่ายเทได้ดีขึ้น
• ปีการศึกษา 2563 (ค.ศ. 2020) โรงเรียนได้ดำเนินการปรับปรุงบริเวณหลังคาโดมฝั่งทางอาคารเรียนประถม – มัธยม และติดตั้งพัดลมขนาดใหญ่ที่ศาลาอเนกประสงค์ เพื่อให้มีการระบายความร้อนและอากาศถ่ายเทได้ดีขึ้น